

Cuando estalla la guerra civil, don Sebastián ejerce el ministerio siendo párroco de Turleque. El 21 de Julio, después de celebrar por última vez, fue obligado por las autoridades republicanas a entregar las llaves de la iglesia. Inmediatamente lo emplearon en el ayuntamiento como barbero durante tres meses; pero en realidad buscaban mofarse de él pues tenía artes para el oficio. Finalmente lo despidieron.
El 4 de diciembre fue detenido. Junto con él detienen a una señora viuda, Herminia Sánchez Moraleda. Ambos fueron llevados en dirección a Mora. Según los testigos, Herminia presenció la muerte de don Sebastián. El asesinato tuvo lugar en el km. 38 de la carretera comarcal que lleva Toledo a Madridejos, y en cuyo punto arranca la carretera local a Manzaneque.
Probablemente mataron a don Sebastián antes de llegar a Mora para quitar testigos molestos y tener que vigilar a una sola persona. Los estudios forenses determinaron que se divirtieron con él hasta clavarle, al parecer, una especie de banderillas. Lo cierto es que lo mataron a cuchilladas.
Don Juan Francisco Rivera afirma en su obra sobre la persecución religiosa en la provincia de Toledo que falleció la noche del 5 de diciembre. Aunque probablemente el martirio tuvo lugar la noche del día anterior.